剧情承接《巫师1》，1271年4月，受弗尔泰斯特国被刺客入侵的影响，杰洛特参加了国王亲自指挥的拉瓦雷特城包围战，然而再次被刺客入侵，这次的弗尔泰斯特国王却不幸被暗杀。没来得及救国王的杰洛特被刚赶到场人误解为了弑杀国王的刺客，被关进监牢。但国王的直属特殊部队队长弗农・罗契很疑惑，亲自审讯杰洛特，相信了杰洛特的解释，并答应帮杰洛特脱身，但前提是要查清刺杀国王的刺客。
在罗契的帮助下，杰洛特逃到了盆塔河的上游，开始了寻找凶手的旅途。在罗契的帮助下，杰洛特恢复了部分记忆，在1268年9月25日，利维亚爆发了一场人类屠杀非人类的暴乱，杰洛特挺身而出，被一位名叫罗布的农夫用草叉刺中了心脏，深爱着杰洛特的叶奈法，为了拯救杰洛特而献出了自己的生命，随后他们的尸体被一位灰白发色的神秘年轻女人带走。
罗契告诉杰洛特，有人之前在亚甸国见到过那名光头刺客，于是杰洛特、特莉丝、罗契一行人前往浮港，准备从这儿前往亚甸国，谁料在途中他们碰到了松鼠头领——伊欧菲斯，和他在一起地就是那位刺杀国王的光头狩魔猎人，双方当即大打出手，好在依靠特莉丝的魔法，三人在松鼠的围攻下顺利逃走。
来到浮港，杰洛特正好遇见自己的老朋友丹得里恩和卓尔坦要被绞死。通过和浮港的指挥官罗列多交涉，杰洛特暂时救下了他们两个，但是要想完全免除他们死刑，罗列多要求杰洛特必须晚上9点去他的府邸商谈。杰洛特和两位损友来到旅馆正在闲聊，突然有章鱼巨兽攻击码头，杰洛特和特莉丝赶去，恰巧看到女术士席儿吓跑了怪兽，于是杰洛特和席儿商定，俩人合作杀怪兽，而赏金俩人平分。
巫师2薇丝
到了晚上，杰洛特和罗契一起来到罗列多府邸，在罗契地帮助下，杰洛特偷偷潜入了府邸后院调查一番，在这里杰洛特发现席儿和罗列多正在秘密商议什么事情，而且罗列多还搜刮了好多商人的财物，总之罗列多并不是什么好人。随后杰洛特和罗列多会面，罗列多希望杰洛特能抓住伊欧菲斯，这样他就免除丹德里恩和卓尔坦的死刑，而且还会付给他一大笔酬金，杰洛特只能选择接受或者彻底得罪罗列多。
经过一番安排，杰洛特和席儿来到章鱼巨兽出没的地方，席儿引出了章鱼巨兽，杰洛特则经历了一场生死搏杀，并最终杀死了章鱼巨兽。就在杰洛特刚领了杀章鱼巨兽赏金的时候，正好碰到正四处找他的特莉丝，特莉丝告诉他，伊欧菲斯的副官席朗被抓，被囚禁在囚犯驳船上，于是两人匆匆赶过去。仔细询问过席朗后，俩人得知那名刺杀国王的光头狩魔猎人名叫雷索，而雷索在利用完松鼠后，竟然又背叛了他们，企图干掉伊欧菲斯。权衡利弊，杰洛特准备去找伊欧菲斯，与他联手对付雷索。
席朗在临死前喃喃念叨，将要回归苹果树的花丛下，不料又令杰洛特恢复了部分记忆：那位灰白发色的年轻女人名叫希里，她救活了杰洛特和叶奈法，并把他们两人带到了苹果树岛——阿瓦拉克岛，随后希里就离开了，去了另一个世界。在这座岛上杰洛特和叶奈法度过了一段短暂而温馨地生活，然而没过多久狂猎来了，狂猎是一队精灵骑兵，来自于一个时间流逝很慢的世界，他们是死亡和厄运的预兆，他们的出现往往也预示着战争，他们绑架人类，并强迫人类加入他们的行列，从来没有人能够逃脱他们的追杀。狂猎抓走了叶奈法，而杰洛特则拼死想要找到他们救回叶奈法。
由于席朗还提到了记忆玫瑰，特莉丝突然想到可以利用记忆玫瑰帮助杰洛特恢复记忆，所以他俩又赶往生长着记忆玫瑰的地方。俩人到达该处后，恰巧有几个人要拆除这儿的情侣雕像，双方一言不合拔刀相向，在干掉一个想要偷袭特莉丝的家伙后，俩人失足掉入一个地洞。不想地洞竟是一间古老而神秘地澡堂，二人随即共沐了一场旖旎而香艳的鸳鸯浴。拿到记忆玫瑰后，特莉丝告诉杰洛特想要恢复他的记忆，必须花费几天时间来布置魔法阵，于是杰洛特决定先去找卓尔坦，询问伊欧菲斯的落脚处。
卓尔坦领着杰洛特和伊欧菲斯会面，伊欧菲斯不相信雷索要杀他，于是他们决定到雷索藏身处对质。伊欧菲斯伪装成被杰洛特擒获，以此来试探雷索，果然雷索很痛快就承认了自己利用松鼠，且准备杀死伊欧菲斯。就在这时罗契领着士兵也杀来，杰洛特面临着两难抉择，帮助伊欧菲斯，还是将伊欧菲斯交给罗契。
跟着杰洛特和雷索就厮杀在一起，最终杰洛特战败，但雷索并没有杀杰洛特，而是告诉杰洛特，他们曾经并肩作战过，而且杰洛特还救过他的命，所以他这次不杀杰洛特，他准备去抓特莉丝，来胁迫特莉丝将他传送到亚甸。在雷索离开后，杰洛特也匆匆赶往浮港，想要保护特莉丝。
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